Masaharu Anesaki (姉崎 正治) naît à Kyoto en 1873. Il est le fils d’un samouraï au service du prince Katsura. Après ses études secondaires à Kyoto, il entre en 1893 à l’université impériale de Tokyo, où il effectue des études de philosophie. Il rédige un mémoire en allemand intitulé Die Freiheitslehre Schellings ("La Doctrine de la liberté de Schelling"). Il se spécialise durant ses études en sciences religieuses et obtient un doctorat en 1898. Deux ans plus tard, il est nommé professeur à l’université impériale de Tokyo.
Entre 1900 et 1903 il entreprend un voyage d’études en Europe. Il poursuit en Allemagne et en Grande-Bretagne ses études en histoire des religions. En 1905, une chaire de science des religions est spécialement fondée pour lui à l’université impériale de Tokyo. A la suite de son voyage en Europe, il s’intéresse particulièrement au bouddhisme et au christianisme, tout en poursuivant ses travaux de philosophie. En 1913, il publie une traduction en japonais du Monde comme Volonté et comme Représentation de Schopenhauer.
Entre 1913 et 1915, Masaharu Anesaki est professeur invité à Harvard (Etats-Unis), où il donne des cours sur la culture japonaise et l’histoire des religions. En 1919 il est invité au Collège de France (Paris) : ses leçons sont publiées en 1921 sous le titre Quelques pages de l’histoire religieuse du Japon. La même année, il participe en tant que délégué du Japon au Congrès Pan-Pacifique sur l’Education à Honolulu. En 1923, le puissant séisme détruit la bibliothèque et l’université impériale de Tokyo. Il met alors à contribution sa renommée internationale pour faire reconstruire les bâtiments.
Lors du Congrès Pan-Pacifique de 1933, il représente le Japon aux côtés de Nitobe Inazō (新渡戸 稲造), sous-secrétaire général de la SDN entre 1920 et 1928. En mars 1933, le Japon se retire de la SDN. Masaharu Anesaki devient cependant membre de la CICI l’année suivante, jusqu’en 1938. Il est administrateur de la Kokusai Bunka Shinkokai (l’"Association pour les Relations culturelles internationales"), à laquelle est rattachée en 1936 la Commission japonaise de Coopération intellectuelle. En juillet 1937, Masaharu Anesaki participe aux Entretiens organisés par le Comité permanent des Lettres et des Arts, au titre de membre de la Commission japonaise de Coopération intellectuelle. L’ouvrage est publié l’année suivante, sous le titre : Le Destin prochain des lettres. La même année, l’IICI publie un ouvrage de Masaharu Anesaki, intitulé L’Art, la vie et la nature au Japon. Le gouvernement japonais décide le 2 octobre 1939 de retirer l’ensemble de ses experts travaillant à la SDN. La Commission japonaise de Coopération intellectuelle cesse ses activités le 1er avril 1939.